VII Съезд биофизиков России
Краснодар, Россия
17-23 апреля 2023 г.
Главная
О Съезде
Организаторы
Программный комитет
Программа Съезда
Место проведения Съезда
Проживание
Оргвзносы
Основные даты
Регистрация
Публикации материалов Съезда
Молодежный конкурс
Контакты
Тезисы
English version
Партнеры Съезда
Правила оформления докладов

Программа Съезда

Секции и тезисы:

Биофизика сложных многокомпонентных систем. Математическое моделирование. Биоинформатика

Сравнительное изучение структуры и таксономии на примере 5 S и 16 S РНК бактерий

Ю.И. Овчинникова1*

1.Сибирский федеральный университет;

* july.l4o6(at)mail.ru

Важнейшим предметом исследования молекулярных биологов и биоинформатиков является связь между структурой биологических макромолекул и таксономией носителя. Классическим предметом исследования являются последовательности 16 S РНК, однако не меньший интерес представляет и изучение других последовательностей. В рамках данного исследования мы изучали связь двух структур на примере последовательностей 5 S РНК и 16 S РНК бактерий.

Целью настоящей работы является выявление подобий и различий двух структур, определяемых последовательностями 16S РНК и 5S РНК. Ранее [1] было показано, что триплетный состав генетических систем очень хорошо коррелирует с таксономическим положением носителей соответствующих генов. Однако зачастую видовой состав баз генетических данных (в нашем случае — базы SILVA) весьма смещён. Поэтому проводилось индексирование баз данных: удаление части записей, находящихся в сверхпредставленных группах.

Перейдём к описанию самой работы и результатов. Сравнение структуры и таксономии индексированных баз генов 5 S и 16 S РНК бактерий проводилось с помощью метода упругих карт [3]. Кластеризация генов 5 S РНК бактерий по их частотным словарям триплетов проводилась с помощью свободно распространяемого ПО VidaExpert.

Результатом настоящей работы является установление связи кластеризации генов 5 S и 16 S РНК. Так, возможными исходами являются полностью различные паттерны кластеризации, наблюдаемые на этих двух множествах генов, напротив, заметное их подобие. Ещё одним важным является ответ на вопрос: верно ли, что триплетный состав этих двух групп генов позволяет отличить гены 16 S РНК и 5 S РНК бактерий.

1. Sadovsky M., Putintseva Yu., Chernyshova A., Fedotova V. Genome structure of orga-nelles strongly relates to taxonomy of bearers //International Conference on Bioinfor-matics and Biomedical Engineering.

2. Gorban A., Zinovyev A. Principal Manifolds for Data Visualisation and Dimension Reduction // Lecture Notes in Computational Science and Engineering

Comparative study of the structure and taxonomy on the example of 5 S and 16 S RNA of bacteria

I. Ovchinnikova1*

1.Siberian Federal University ;

* july.l4o6(at)mail.ru

The most important subject of research for molecular biologists and bioinformatics is the relationship between the structure of biological macromolecules and the carrier taxonomy. 16 S RNA sequences are a classic subject of study, but other sequences are of no less interest. In the framework of this study, we studied the relationship between the two structures using the 5 S RNA and 16 S RNA sequences of bacteria as an example.

The aim of this work is to reveal the similarities and differences between the two structures determined by the 16S RNA and 5S RNA sequences. Previously [1], it was shown that the triplet composition of genetic systems correlates very well with the taxonomic position of carriers of the corresponding genes. However, the species composition of genetic databases (in our case, SILVA databases) is often quite displaced. Therefore, database indexing was carried out: deletion of some of the records located in overrepresented groups.

Let's proceed to the description of the work itself and the results. Comparison of the structure and taxonomy of the indexed databases of bacterial 5S and 16S RNA genes was carried out using the method of elastic maps [3]. Clustering of bacterial 5S RNA genes according to their frequency dictionaries of triplets was carried out using the freely distributed VidaExpert software.

The result of this work is the establishment of a link between the clustering of 5 S and 16 S RNA genes. Thus, the possible outcomes are completely different clustering patterns observed on these two sets of genes, on the contrary, their noticeable similarity. Another important question is the answer to the question: is it true that the triplet composition of these two groups of genes makes it possible to distinguish between the genes of 16 S RNA and 5 S RNA of bacteria.

1. Sadovsky M., Putintseva Yu., Chernyshova A., Fedotova V. Genome structure of organelles strongly related to taxonomy of bearers // International Conference on Bioinformatics and Biomedical Engineering.

2. Gorban A., Zinovyev A. Principal Manifolds for Data Visualization and Dimension Reduction // Lecture Notes in Computational Science and Engineering


Докладчик: Овчинникова Ю.И.
193
2023-03-22

Национальный комитет Российских биофизиков © 2022
National committee of Russian Biophysicists